Pressão urbanística
Devido à sua localização no densamente urbanizado litoral algarvio, a Ria de Alvor está sob intensa pressão urbanística e de uso recreativo intensivo. No início da década de 1990 ocorreram perturbações graves nas dunas e estuário através de dragagens e obras de engenharia portuária, e são de esperar novas dragagens no futuro. Entre as ameaças mais subtis, contam-se o abandono da prática agrícola e subsequente diminuição da biodiversidade, e poluição das águas do estuário, tanto difusa, quanto em pontos concretos na bacia hidrográfica.
Se estas ameaças forem efectivamente controladas, a Ria de Alvor apresenta um enorme potencial futuro como Área Protegida. A grande variedade de habitats terrestres e aquáticos de fácil acesso, providencia boas oportunidades de treinamento em pesquisas de campo, bem como de educação ambiental (quer ao nível do Ensino Básico e Secundário, como para a população em geral). O seu potencial em termos de ecoturismo está já a ser reconhecido, com milhares de visitas de amantes da vida selvagem todos os anos (principalmente na Primavera) mas pode ainda ser melhorado. Em particular, a protecção da paisagem natural existente na Quinta da Rocha e uma gestão positiva da área que promova de forma equilibrada o seu valor tanto para a vida selvagem como para os visitantes, criará um ecossistema sustentável e rico, e uma atracção para os visitantes.
Corresponder às expectativas dos pescadores, dos habitantes locais, dos turistas e, não obstante, proteger as espécies e os habitats da Ria de Alvor não é um desafio fácil mas é, com toda a certeza, uma tarefa compensadora. É o mosaico formado por todas estas facetas em equilíbrio dinâmico que confere à Ria de Alvor a sua beleza e importância e, em última análise, preservar o património natural é valorizar toda a região circundante.